Als Hochschulfach ist die Klassische Philologie in Hamburg - wie auch die hiesige Universität - noch keine 100 Jahre alt; die Geschichte der institutionalisierten griechischen und lateinischen Studien in Hamburg reicht allerdings bis in die Reformationszeit zurück. Seit 1529 vermittelte das Johanneum in Hamburg höhere Bildung; später kam als Aufbaustufe das Akademische Gymnasium hinzu. Zu seinen bedeutendsten Schülern zählt der spätere Kustos der Vatikanischen Bibliothek, Lucas Holstenius (1596-1661); Joachim Jungius (1587-1657) und Johann Albert Fabricius (1668-1736), der Verfasser der Bibliotheca Graeca, wirkten dort. Bei der Gründung der Universität nach dem ersten Weltkrieg wurden dem Seminar für klassische Philologie zwei Lehrstühle zugeordnet, die in den ersten Jahren in rascher Folge von Otto Plasberg, Karl Reinhardt (der hier sein Poseidonios-Buch verfaßte), Rudolf Pfeiffer, Friedrich Klingner, Ernst Kapp und, ab 1931, von Bruno Snell wahrgenommen wurden. Mehr als jeder andere gab Snell dem Institut seinen Platz in der europäischen Wissenschaftslandschaft und prägte es in fast 50jähriger Verbundenheit. Seine frühen Kontakte mit Cassirer, Warburg und Panofsky eröffneten Verbindungen zu anderen kulturwissenschaftlichen Disziplinen, die sich u.a. in der Gründung der Zeitschrift Antike und Abendland niederschlugen. Später wirkten als Professoren in Hamburg auf dem Gebiet der Gräzistik Hartmut Erbse, Joseph-Hans Kühn, Gerda Knebel, Winfried Bühler, Klaus Alpers, Volkmar Schmidt, Bernd Seidensticker und Dieter Harlfinger, auf dem der Latinistik Ulrich Knoche, Hans Joachim Mette, Otto Zwierlein, Walther Ludwig, Widu-Wolfgang Ehlers, Wilt-Aden Schröder, Joachim Dingel und Dorothee Gall.
Zentrale Forschungsausrichtung der Hamburger Gräzistik ist heute die Textphilologie, die durch eine Reihe paläographischer, überlieferungsgeschichtlicher, editorischer sowie lexikographischer Arbeiten vertreten ist und auch in zwei Forschungsvorhaben zum Tragen kommt. Zum einen handelt es sich um Teuchos. Zentrum für Handschriften- und Textforschung, das mit Unterstützung durch die DFG eine weltweit nutzbare elektronische Arbeitsumgebung für die philologische Grundlagenforschung entwickelt; zum anderen um den Thesaurus Linguae Graecae (Archiv für Griechische Lexikographie), an dem textphilologische Arbeiten zum Corpus Hippocraticum durchgeführt werden und das Lexikon des frühgriechischen Epos (Hamburger Forschungsstelle der Göttinger Akademie der Wissenschaften) erarbeitet wird. Als weitere Forschungsschwerpunkte der Hamburger Gräzistik sind die frühgriechische Lyrik, das Drama des 5. Jhs., die hellenistische Dichtung und der kaiserzeitliche Roman zu nennen.
Die Hamburger Latinistik widmet sich der lateinischen Literatur in ihrer ganzen Breite. Sie hat einen international anerkannten Schwerpunkt im Bereich der neulateinischen Forschung, die hier von Walther Ludwig begründet, von Dorothee Gall unter besonderer Berücksichtigung des italienischen Humanismus weitergeführt wurde. Hieraus entsprangen in der Vergangenheit zahlreiche Kooperationen mit den anderen literatur- und kulturwissenschaftlichen Disziplinen der Universität und mit der Staats- und Universitätsbibliothek, vor allem im Bereich der Lehre. Arbeitsschwerpunkte der derzeitigen Lehrenden liegen in den Bereichen Philologiegeschichte, römisches Drama, Literatur und Kultur der späten Republik und des Prinzipats sowie in der mittel- und neulateinischen Literatur und der Buchforschung.